A infecção com o herpes simples 2 é semelhante (10% dos casos são por HSV1, o que se atribui ao aumento da prática do sexo oral). Há infecção da mucosa genital, no homem na glande do pênis, na mulher na vulva ou vagina, com exantemas e sensibilidade dolorosa. Também pode ocorrer no ânus. Outros sintomas são febre, mal-estar, dores musculares e de cabeça, dores ao urinar e corrimento vaginal ou da uretra no pênis. A maioria das infecções no entanto é assintomática.
Simultaneamente ocorre a invasão dos neurônios sensitivos com migração no interior dos axônios para os corpos celulares nos gânglios nervosos lambosacrais. Aí ficam em estado de latência sem se reproduzir, indetectáveis enquanto os virions ativos da mucosa são destruídos pela resposta citotóxica imunitária. Após período de debilidade voltam a migrar pelos axônios para a mucosa e estabelecem novo episódio doloroso típico. As recorrências podem ser de todos os meses a raras.
Os episódios de recorrência são menos intensos e freqüentemente antes da erupção das vesículas há irritação (comichão) da mucosa. O vírus é transmitido mesmo na ausência de sintomas.
As complicações são mais raras e mais moderadas quando ocorrem somente na forma labial. Um tipo de complicação específico do HSV2 é a meningite, que é pouco perigosa, sendo a encefalite muito rara. Contudo, se a mãe infecta o recém-nascido via ascensão pelo útero na gravidez ou no nascimento, a infecção é especialmente virulenta, devido ao sistema imunitário ainda pouco eficaz do bebê. A mortalidade e probabilidade de deficiências mentais são significativas, apesar de ocorrer numa minoria dos casos.
O herpes pode ser mortal.